Ogni anno, la Scuola Superiore Sant'Anna emana due bandi di concorso dove sono indicati il numero di posti disponibili e le modalità di selezione per l'ammissione ai corsi di I livello e a quelli di II livello.

L'offerta formativa della Scuola Superiore Sant'Anna è in linea con quella dell'Università di Pisa e con la riforma degli ordinamenti didattici (3+2).
Sono previsti, infatti, corsi di studio di I livello e di II livello per i settori di Agraria, Economia, Ingegneria e Scienze Politiche; mentre per Giurisprudenza e Medicina è previsto un corso di studi a ciclo unico.

Il primo passo verso l'ammissione è la prova di preselezione.