L'Istituto Confucio di Pisa è diretto dalla Prof.ssa Barbara Henry della Scuola Superiore Sant'Anna e co-diretto dalla Prof.ssa Li Jing dell'Università di Chongqing.
Il coordinatore è il Dr. Jerome Pauchard. Fa parte inoltre dello staff dell'Istituto la Dr.ssa Giada Alì.
Un Comitato Scientifico, composto da docenti italiani esperti di Cina e da docenti cinesi, con particolare esperienza negli studi interculturali, è responsabile per la programmazione delle attività dell'Istituto.